Основанию Казанского женского монастыря в Ярославле способствовало чудесное явление иконы Божьей Матери. Монастырское здание заложено в 1610 году в знак избавления города от 24-х дневной осады польских захватчиков. Икона стала почитаться Ярославцами, как Покровительница города. Для её образа в северо-западной части посада был построен деревянный храм.

В 1795 году к церкви пристроен зимний придел в честь Спаса Нерукотворного. На месте прежнего храма в ансамбле с новыми строениями с 1835 г. был возведен собор. Он относится к памятникам архитектуры позднего классицизма. В 1828г. построена зимняя церковь Покрова Пресвятой Богородицы с приделами во имя Свт. Николая и Св. Иоанна Предтечи и с 4-х ярусной колокольней. В 1881 г. построена домовая церковь игуменского корпуса в честь Сретения Господня. К своему 300-летию Казанский женский монастырь в Ярославле славился иконописным мастерством и чудесным пением. После мятежа 1918 г. монастырь был закрыт, а собор переделан под архив. Судьба иконы так и неизвестна. Спустя 80 лет в 1998 году обитель была вновь открыта. Сразу ей был передан новочудотворный список с Ярославской иконы, сделанный монахинями монастыря.

Богослужения в Казанском монастыре начались в 2001 году. Сейчас здесь работают регентская школа, православная гимназия. С 2002 года возобновлён старинный крестный ход до Тутаева с Казанской иконой. С 2000 г. в казанской обители хранятся чудотворные мощи Митрополита Ростовского и Ярославского, причисленного к лику святых, святителя Агафангела, исповедников и новомученников.